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历史上的德国陆军编制复杂，德国陆军以师为主要作战单位，仅仅师的种类就有：野战步兵师、装甲师、摩托化师、装甲掷弹兵师、装甲步兵师、山地步兵师、轻步兵师、轻装甲师、骑兵师等多达十几种编制。
希特勒经过与帝国战争部和参谋部商讨，也广泛咨询了曼施坦因、古德里安等心腹爱将之后，对陆军的编制做出了调整与固定。1938年3月，新的编制结构出台，以后德国陆军将一直按照这个编制组建。
陆军师级单位只保留：野战步兵师、装甲师、摩托化师、轻步兵师、山地步兵师5种编制，并且新建立装甲掷弹兵师。师的编制大体沿用了二战时候德军1940年式陆军编制，结合了后世的美军、苏军的优点，做出了一定的调整。步兵师几乎不动，装甲师发生了巨大变化。为了直观清晰的了解新陆军编制的实力和装备改革前后的对比，列了一个表格：
历史上的纳粹德军编制（1941年6月）
种类 装甲师 步兵师 摩托化师 轻步兵师 山地师
人员 15600 17734 16400 14520 15800
步兵 5500 9180 7100 6800 7000
机枪 1850 1600 810 605 432
迫击炮 30 144 93 105 105
75步炮 22 20 14 14 16
105炮 24 36 24 24 36（75山炮）
150炮 8 12 8 8 12(105山）
高炮 74 12 8 63 8
反坦克炮 54 75 60 60 60
坦克 180 0 0 0 0
装甲车 190 3 37 0 0
汽车 2915 1009 2800 1000 800
马匹 0 4842 0 3300 4800
1938年全新德军编制（最终版）
种类 装甲师 步兵师 摩托化师 轻步兵师 山地师
人员 15000 17800 16400 14500 15800
步兵 5000 9180 7100 6800 7000
机枪 1850 1600 1810 605 514
迫击炮 48 144 93 105 105
75步炮 0 36 24 18 16
105炮 36 36 36 24 36（75山炮）
150炮 12 12 12 0 12(105山）
高炮 96 24 36 36 8
反坦克炮 0 72 60 60 60
坦克 324 0 0 0 0
装甲车 620 3 56 0 0
汽车 3300 1200 3200 1000 800
马匹 0 4200 0 3300 4800
希特勒深知，军队的编制是德国军方高层经过长期的实践和无数次推演制定的，虽然有各种各样的问题，但是也可以说是最适合当时德国的国情的。无法要求它像财大气粗的美军一样全机械化，所以对步兵师等编制改动不大，还是保留了大量的马匹。其实整个战争期间，德国受工业产量和汽油资源所限，并没有完成全机械化陆军的建设，大量依靠马匹和徒步行军，并不是像一般人印象中那样武装到牙齿。
希特勒只能尽可能的强化装甲师的编制，然后再适当增加各个师级单位的汽车的数量，稍微缓解了德军对畜力的依靠。这得益于在海军建设方面的缩减和齐格菲防线偷工减料所节省下来的巨额资金。他计划，以后整个战争期间，主要靠陆军打天下了，空军主要负责保护西线和德国领空的绝对安全，在东方进行对地支援。而海军则彻底落为短板，主要负责大西洋破交和在波罗的海进行轰岸任务。
除了装甲部队，德军可以倚重的另一只重要突击力量就是由空军司令戈林统帅的空军。在希特勒和空军高层的设想，德国空军是一支能够独立执行战略战役任务并对海、陆军进行支援的军种。现阶段德国空军兵种分为：侦查、战斗、驱逐、轰炸、俯冲轰炸、运输、特种航空兵、空降兵、防空高炮、通信兵等。在希特勒的干预下，取消了驱逐机部队。也不会再出现历史上出现过数量庞大的空军野战师。
新的空军编制为：空军最高战役集团为航空队，下辖若干个航空联队、独立大队、航囧指挥部、通信团、高炮旅。航空联队是单一机种的最高战术兵团，整个联队辖1个联队部4架飞机和3个航空大队（40架）、1个补充大队（16架），整个联队一共有140架单一机种。在历史上1941年，德国一共拥有5个航空队4882架作战飞机。希特勒希望新的空军计划能够在入侵俄国时候让空军的实力翻一倍，达到6---8个航空队，一线作战飞机最好能突破一万架。关于这一点，希特勒还是有信心的，因为他已经决定不实施不可能成功的海狮计划，这样可以避免大量的优秀飞行员在英伦三岛上空白白的绝对损失。如果在欧洲上空实施防御作战，即使飞机被击落，飞行员跳伞以后能降落在德占区。而如果在英国上空被击落，即使飞行员跳伞也会立刻被送入战俘营。
至于海军，除了潜艇部队外，几乎被放弃了。把现役的和在船台上正在建造的所有水面舰艇加在一起，德国海军的全部家当也就是1艘航空母舰、2艘战列巡洋舰、3艘袖珍战列舰、3艘重巡洋舰、6艘轻巡洋舰、34艘驱逐舰和2艘正在接受现代化改装的老式无畏战列舰。除了驱逐舰以外，大型军舰的建造计划已经被暂时冻结了，但是潜艇的建造级别已经被提升到最优先级别，到1939年9月，预计能生产出最低不少于200艘潜艇。
1935年开工的齐柏林号航空母舰很幸运，它赶在了希特勒下令取消所有大型军舰建造之前开工而得以保留。令海军高层感到奇怪的是元首对这艘航空母舰反而格外关心。元首亲自下达了改进计划，也正式调解了历史上海空军对于它的管辖权的争夺，明确规定它属于海军。
由于德国首次设计航空母舰缺乏经验，该级航母最初的设计参考当时的英国皇家海军的航母和日本赤城号航空母舰的设计。再加上德国海军一贯设注重武器和装甲防护，装甲厚达到60毫米；岛式上层建筑最厚到150毫米。为对付可能接近的敌舰，“格拉夫·齐柏林”号安装8座双联150毫米主炮。防空武器：6座双联105毫米防空炮，11座双联37毫米防空炮，28门20毫米机关炮。航速也非常快，主要考虑用以躲避空袭，12台锅炉共输出200,000匹马力，航速34节。载机方面采用空军改装后的陆上飞机，其中包括ME-109海军型战斗机12架、JU87C俯冲轰炸机30架。
希特勒利用后世的知识干涉了它的建造，命令取消全部的双联装150毫米主炮。增加了6座双联装瑞典博福斯40毫米高炮。把11座恶名远扬的双联装37毫米“手拉机”全部更换为瑞典的博福斯40毫米高炮。因为150毫米主炮的取消，省出来的空间可以装更多的航空炸弹和燃油。也大大简化了建造流程。这样这艘本来一直在船台上躺着到最后只能自沉的德国唯一一艘航空母舰能够赶在战争爆发之前入役德国海军。给寒酸的帝国海军增加一点自信和砝码。希特勒深知德国没有能力建造一只可以媲美英美或者日本的海军，所以并没有打算增加航空母舰的后续建造计划，德国海军在整个战争期间很可能就只有这一艘航空母舰。
到目前为止，德国陆军已经拥有8个装甲师，1个装甲掷弹兵师，6个摩托化师，2个山地师以及43个步兵师，共计100万的兵力，空军拥有作战飞机超过2000架，海军有超过80艘潜艇，得以保留的大型战舰也纷纷下水服役。另外还有3个师的外籍兵团。共160万人的强大兵力。三军的编制在希特勒的干预下，利用了大量的后世经验，在即将爆发的大战中，这支军队将比历史上更加强悍、规模更加庞大。