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希特勒在办公室看着从中国发来关于“淞沪会战”的战报，立刻命令外交部电令德国驻华大使馆，让大使馆通知在南京的所有德国机构和包括商会、教堂、医院等民间组织，秘密做好救助中国难民的准备。他深知，一场人间惨剧已经不可避免了。
11月7日，日本参谋本部向华中方面军下达命令，划定华中方面军的作战区域为苏州、嘉兴连结之线以东，限制在上海周围，不准进攻南京。但是日本军方有以下克上的传统，上海被日本占领后，日军趁势分三路迅速向南京推进。中国方面开始准备首都保卫作战，由于淞沪会战失利，撤退过于仓促，号称“东方马奇诺”的首都国防工事——锡澄防线交接发生失误，随着日军轰炸机的大范围轰炸，撤退演变为大溃败，无锡的快速陷落使锡澄防线基本没有发挥作用。
松井石根在未报请日本统帅部批准的情况下，下令日军兵分三路进犯南京。11月12日，上海沦陷。13日，日军十五艘军舰从吴淞口驶入长江。20日，国民政府正式宣告迁都重庆。唐生智临危受命担任南京卫戍司令官。22日，松井石根正式向参谋本部呈报，主张“必须攻占南京”，并表示“方面军以现有的兵力不惜付出最大牺牲，估计最迟在两个月以内可以达到目的”。松井石根制定《第二期作战大纲》，决定12月上旬进攻南京。日本参谋本部下达“大陆指第5号令”，废除“不准进攻南京”的规定，华中方面军之作战区域扩大到无锡、湖州一线以西部分地区。28日日本参谋本部正式决定向南京进攻。
中国军队参加南京保卫战的总兵力纸面数据有15万左右，包括刚从上海前线撤退下来的第36师、第87师和第88师，加上从他处抽调来的10个师，总共13个师，再加上由军事学院学生组成的教导总队12000余人、宪兵部队、江宁要塞部队等，然而部队大部分均是由上海战场撤出，受创整严重的残部。因此实际上没有满编，只有8万人左右。
而日本却集中了第3、第6、第9、第16、第18、第114师团共六个师团又一个独立混成旅团将近20万人的强大兵力。
1937年12月5日，日军向南京外围阵地发动猛烈进攻，惨烈的南京保卫战开始。7日晨，蒋介石飞离南京。8日，日军凭借先进的武器装备，攻抵南京城墙边内廓阵地，战况空前激烈。南京卫戍司令长官唐生智为了表示破釜沉舟、背城借一的死守南京的决心，下令撤走长江中所有的船只，并指示第一军军长胡宗南，不准南京的人员擅自过江。胡宗南接到命令后，知道首都即将沦陷，特地去拜别中山陵，心中生出无限悲凉与感慨。一个人静悄悄地两手插在裤袋内，在来回踱方步，西式的头发梳得很整齐，草绿色华达呢的军常服，也是笔挺的。胡宗南对身边的随行人员突然说道：“我忽然想起李后主的词：无限江山，别时容易见时难……我们真是愧对总理，愧对领袖。”
9日，日军进抵南京城下，并用飞机向城中投撒日“华中方面军”司令官松井石根致中国守军的最后通牒，进行劝降。南京卫戍司令唐生智对松井的最后通牒不予理睬。企图以“破釜沉舟”的精神背水死战。10日，日军发起总攻，日军见中国军队拒绝投降，遂向雨花台、通济门、光华门、紫金山第等阵地发起全面进攻，战况更为激烈。特别是城东南方面，因复廓阵地已丢失，日军直接进攻城垣，形势十分严峻。卫戍司令部急令第83军的第156师增援光华门、通济门城垣的守备，并在城内各到处赶筑工事，准备巷战，同时将第66军由大水关、燕子矶调入城内，部署在中山门及玄武门内；另以刚刚由镇江撤入南京城内的第103师及第112师交由教导总队总队长桂永清指挥，负责中山门附近城垣及紫金山阵地的守备。当夜，第156师选派突击小分队坠城而下，将潜伏城门洞中的少数日军全部歼灭。雨花台方面，日军2个师团主力在炮兵、坦克及航空兵的掩护下发动猛攻，将第88师右翼第一线阵地全部摧毁。当晚，日军第18师团占领了芜湖。11日，日军第16师团猛攻紫金山南北的中国军队阵地。教导总队与敌激战终日，日军毫无进展，但日军右翼部队攻占了第2军团防守的杨坊山、银孔山阵地，进至尧化门附近。日军为切断中国守军的撤退道路，又从抽调山田支队从第16师团右翼加入战斗，向乌龙山、幕府山炮台进攻。日军第10军的第114师团及第6师团主力继续攻击雨花台。第88师的第二线阵地又被摧毁，守军被迫退守核心阵地。日军第114师团右翼部队开始攻击中华门，城门被炮火击毁。日军第6师团左翼部队之一部沿长江东岸北进，在上新河击退宪兵教导2团的1个营，占领了水西门外的棉花堤阵地。日军国崎支队在当涂北慈湖附近渡过长江，沿西岸北进，向浦口运动。
12月12日，从拂晓开始，日军飞机大炮密集向各城门集中轰炸，城墙四周房屋倒塌，城墙洞开。战至中午12点，雨花台被日军占领，紫金山第二峰沦陷，中华门和中山门被日军突破。成百上千的中国士兵在没有长官指挥的情况下，自反向日军发起反冲击，直至全体壮烈殉国，没有一个投降和逃跑的士兵。
唐生智12月12日下令撤退，数万军队在没有组织和预案的情况下匆忙撤退，马嘶人喊，人员嘈杂，更关键的是没有船只，码头上的人如同热锅上的蚂蚁。74军军长费尽九牛二虎之力找来一艘小火轮，一次只能运载三百多人，经过12日一整夜总算运走了三万两千多名败兵。次日，一部分日军乘船行至八卦洲附近江面。大量正在渡江的中国军队官兵被日艇射杀冲撞，宪兵代司令萧山令指挥还没有渡江宪兵辗转冲杀，终以弹尽援绝，壮烈殉国，实现了自己“誓与南京共存亡”的诺言。