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??琉球列岛孤悬海外，自古以中华为尊，明初时正式成为属国，是明朝、日本及南洋诸国的贸易必经之路，大陆沿海肃清海盗及倭寇以来，随着那霸港的日益繁荣，无论日本人、西洋人都对其虎视眈眈。
扳倒了勾结倭寇的国相马良弼，琉球国的局面焕然一新，扶植尚永王的正妃娘娘，继承王公公的遗志，张藩当上了远征军将领，再度踏上了吕宋岛，以围剿林风集团为由，希望能将其诏安，让他将来为月空长老保驾护航，远渡重洋开拓新大陆，与西洋人一比高下。
短短一个月，郭奕和许灵儿办完了这几件大事，分别送走了马克和露易丝、小西行长等人，就在她们准备返回日本时，马五和林邵琦突然回来了。
马五等人被释放之后，在马尼拉多逗留了几天，林风几乎没再发起大规模的武装行动，吕宋的局势渐渐平稳了下来。
他们本想把林风给抓回来，通过明察暗访，发现林风为了保存实力，化整为零潜伏到了偏僻的村庄，由于村庄里的神父，都是由会读书识字的华侨担任，对被镇压的同胞持同情态度，因此，林风集团不仅没被消灭，还逐渐壮大了队伍，
大家都知道，马尼拉当局不可能容忍林风集团的存在，在他们盘踞在玳瑁港的时候，之所以姑息养Ｊ，是希望借助林风对大陆沿海的威胁，迫使朝廷允许西洋人到内地经商、传教，甚至想像佛郎机人占据澳门岛，在福建沿海谋求一块殖民地。
当然，朝廷绝不可能答应西班牙人的要求，更不会指望林风在海外开疆拓土，本来玳瑁港的局面再坚持几天，就能迎来月空长老的商团，将来以此为基地，与西洋人在大海上展开竞争，倒也不失一种应对的良策，谁也没料到，林风居然暗中勾结倭寇，企图收买浪人军团图谋马尼拉，导致拉维扎列斯总督恼羞成怒，罗阿敏等人苦心经营的产业，一夜之间灰飞烟灭。
幸亏郭奕和许灵儿率领大福船远赴吕宋，挽救了数千名妇孺老幼，如若不然，将会是怎样的凄惨结局……
九月中旬，郭奕和许灵儿返回了日本，郭国强最先得知消息，立刻率领许仪后、朱均旺、净空、韩小玉、张敏儿、吴莲、刘镖师、马镖师、还有年少的汤琼、汤瑶、虎儿、阿真等人以及数十名水手，纷纷前往津坊町码头迎接，回到秋目浦村，众人聚在一起吃了顿团圆饭，
由于月空长老、玄德真人、文涛和宋河夫妇去了辽东，到现在还没有任何消息，大家心中都十分挂念，次日，郭国强来找郭奕和许灵儿，商议今后该何去何从，由于朝廷现在又开始严格海禁，最终决定把众人先带往那霸港，今后发展和福建、浙江及南洋各地的贸易，集聚资金打造大船，目标直指大洋彼岸的新大陆。
接着，她们讲述了出行琉球和吕宋等地的经过，郭国强听了不胜唏嘘，一直以来，最担心的是猴子等人使坏，派浪人到秋目浦来捣乱，好在猴子现在自顾不暇。
织田信长已经占据了京都，又于琵琶湖畔大兴土木，修筑安土城以昭示“天下”，罢幕府既成事实，废天皇指日可待，借长筱之战的余威，依赖新式的火枪队，正在大展宏图、如日中天之际，突然间就断了火绳枪的来源，导致织田军团的战斗力大减，令其头疼不已。
原本支持信长的波多野秀治，在丹波举起了叛旗，紧接着，石山本愿寺也再次举兵……
越后之龙上杉谦信本是信长的盟友，二人曾联手对付甲斐之虎武田信玄，如今，也和信长翻了脸……
以北国的上杉谦信为盟主，与西国大名毛利辉元遥相呼应，由甲府的武田胜赖、石山本愿寺的显如、丹波的波多野秀治、纪州杂贺众等人，组成反信长联盟，妄自尊大的织田信长陷入了二次围网……
为了制止逆天灭佛的狂傲之徒，让所谓“天下布武”胎死腹中，郭国强等人仍在执行一个秘密行动，只因郭奕数次暗杀织田信长未遂，导致他们的防卫异常森严。
郭奕、许灵儿与亲人团聚了两天，为尽快把陆云龙和王冲的灵柩运回故里，再次悄悄前往堺町。
此时，马克和露易丝已经回来了，众合会长老看罢书信，得知他们还能弄得明朝市舶司的引票，对露易丝的英雄“事迹”大加赞赏，希望将来指望他们，撬开明朝海关的大门。
由于林风已经转移到了地下活动，小西隆佐也从马尼拉回到了日本，听儿子汇报了琉球的情况，得知与织田信长合作的马良弼已经倒台，顿时喜出望外，立刻前往长滨城去见秀吉。
织田信长陷入危机以来，急需新式火绳枪，由于他和西门阿尔梅达神父的贸易协定无法执行，本希望通过琉球国相马良弼来承担这个任务，却不料想马良弼突然倒台，一下子又陷入了困境，织田信长把西门阿尔梅达大骂一顿之后，把他又派往马尼拉去想办法，因此，马克这次回来，还是没能见到他的师父，赔偿货款的Ｙ影依然笼罩心头。
郭奕和许灵儿到了堺町，先去联络小西父子，等了两天，小西隆佐才从长滨城回来，因小西行长这次立下了“奇功”，如今已经正式成了武士，故此，激动万分的小西隆佐，十分隆重地接待了她们俩。
于是，郭奕和许灵儿要求他们尽快兑现诺言，但小西隆佐又提出新的条件，首先要有琉球正式的国书到来，才能彻底断绝织田信长的念想，同时，要求在那霸港开设贸易货栈，马尼拉、琉球至日本之间的火绳枪贸易，将来由他们小西家垄断经营。
琉球的国书应该很快就能到，但帮助小西家在琉球做“生意”，却是无论如何也不能答应的。
尽管小西隆佐和西门阿尔梅达同是众合会的会首，又同样经常往返马尼拉和堺町之间，此二人却是各为其主。
小西隆佐效忠的猴子秀吉，联络的是海盗林风，一个尚未成气候，一个拿不上台面；而西门阿尔梅达在日本和从二品近卫大臣合作，在马尼拉有耶稣会和当局的支持，如果马良弼的Ｙ谋得逞，那霸港成了二者之间的中转站，将无人能与他们相匹敌，西洋新式火绳枪源源不断运入织田氏之手，定会使他的野心更加膨胀，所谓“天下布武”近在眼前……
发现小西隆佐耍起了无赖，郭奕和许灵儿不得不前往京都，亲自去找猴子讲理，恰好在这时，琉球的国书送到了织田信长之手。
这份国书道出了马良弼倒台的原因，表明了琉球王维护明朝的决心和意志，拒绝任何人借道琉球对外发动战争……
织田信长看罢恼羞成怒，如果上万支火枪运到手中，何至于有什么“二次围网”的出现？看来，指望马良弼和西门阿尔梅达已经成了泡影，急忙把麾下的大将召集到清州城开会。
前田利家、柴田胜家、森长可、织田信忠、泷川一益、明智光秀、丹羽长秀、织田信孝、佐久间信盛、羽柴秀吉等武将们都到齐了，织田信长吹着嘴前的八字胡须，质问道：“为了打破二次围网，我需要火绳枪，继续打通与琉球、南洋之间的贸易，你们哪个能够做到？哪个能够做到？哪个能够做到？”
一连问三声，匍匐在织田信长脚下的武士们，全都大眼瞪小眼，没有人敢啃声。
于是，织田信长跺着脚，手指着丹羽长秀，骂道：“都是因为你这个混蛋，是你说堺町众合会的商人不可靠，怕火绳枪落入了敌人之手，要求直接运往伊势湾，现在，我要的火绳枪在哪儿？在哪儿？在哪儿？”
又连续问三声，把丹羽长秀吓得魂不附体，哆哆嗦嗦地答道：“儿臣一定想办法将戴罪立功。”说着，他瞄了一眼秀吉。
由于阿市夫人嫁给了柴田胜家，屡建奇功的羽柴秀吉，始终对这件事耿耿于怀，他知道信长根本瞧不起自己，更没把自己当做心腹看待，面对这群同僚，秀吉知道，想出人头地并不容易。
这时，织田信长踢了一脚丹羽长秀，恶狠狠地问道：“你准备如何戴罪立功？”
秀吉突然眼前一亮，仿佛看见了“神镜”里的场面：不可一世的织田信长，在熊熊烈火中化为灰烬，随后，一轮初升的太阳冉冉升起……
发现丹羽长秀还在低头求救，秀吉赶忙答道：“请右近卫大臣大人息怒，丹羽长秀大人所说并非虚言，在琉球办事，在下可以帮忙，请大人放心吧。”
每次陷入困境时，秀吉都能给织田信长解燃眉之急，因此，听罢这番话，织田信长的火气顿时就没了，轻声问道：“你真有办法？”
秀吉赶忙叩首，高声答道：“不敢在大人面前妄言，为大人分忧解难是我的本分。”
织田信长闻言放声大笑，矜持地看了他一眼，秀吉赶忙表现出一副诚惶诚恐的样子。
“好！你若能办成这件事，将来出征海外的先锋官，非你莫属。”
“大人的知遇之恩，藤吉郎将以死相报。”
在猴子看来，只要有足够的火绳枪，打破二次围网、统一日本，自然不在话下，即便神镜的预言不复存在，那么，征大明、降印度、扫平南洋诸岛，一路打到欧罗巴，自己将来挂帅远征军，该是何等的威风！
为了让郭奕、许灵儿等人卖命，秀吉也没食言，离开清州城便去了京都，在幕府老臣细川藤孝、荒木村重等人的帮助下，把陆云龙、王冲的灵柩运出了一乘院，却交给了小西隆佐。
郭奕和许灵儿只好追到了堺町，这时，小西隆佐提出了一个具体的要求：秀吉可以提供全额的货款，要求她们以最快的速度，不管是从那霸港、还是从马尼拉，在一个月内，必须得把五千支火绳枪运往伊势湾，才能归还这两具灵柩。于是，二人商议好了对策，立刻答应了小西隆佐，也提出了一个条件：为了表示对亡灵的尊重，要求把两具灵柩暂时存放在教堂。
小西隆佐自认为在众合会很有权威，便答应了下来，并催促她们赶快去购买火枪。
秋目浦的众人做好了转移的准备，只等着二位英灵归来，便可以集体离开这个是非之地，其实，郭奕和许灵儿并没有离开堺町，而是暗中找到了马克和露易丝，请求帮忙。
马克对此二话不说，就准备行动，露易丝提出了一个要求，她还想再要一张商船引票，郭奕和许灵儿毫不犹豫地答应了她，于是，他们联合行动，配合非常默契，没费什么周折，就把两具灵柩运出了教堂。
次日，小西隆佐发现两具灵柩不翼而飞，马上组织人马四处盘查，紧急命令小西行长带上一伙浪人，火速赶往秋目浦。
当小西行长等人到达秋目浦时，发现他们已经做好了撤离的准备，经过一番细致的观察，发现郭奕和许灵儿应该没有回来，于是，决定到村里骗几名人质，以便继续要挟她们。
由于这伙人不止一次来过秋目浦，他们进村便提出要见许仪后，言称在羽柴筑前守的帮助下，那两具灵柩已经运到了堺町，但阿市夫人在京都生了重病，如今，郭奕和许灵儿都在陪伴阿市夫人，希望许仪后也能到京都去一趟。
听他们讲得有鼻子有眼，许仪后和朱均旺信以为真，抱着对阿市夫人的感恩之心，两位老人决定临走之前，再到京都去一趟，帮她治愈顽疾。
小西行长等人中午刚走，到了傍晚时分，郭奕和许灵儿就回来了，这时，大家才意识到，两位老人被抓去做了人质。
郭国强决定，他亲自前往堺町营救两位老人，劝大家赶快离开秋目浦，以免夜长梦多、再出意外，这时，许灵儿和韩小玉提出要留下来，考虑到月空长老等人可能会突然回来，他一个人也忙不过来，便答应了。
即将离开他们亲手建造的秋目浦码头，登上了他们花尽心血打造的唐船，大家的心情都极度悲伤，郭国强、许灵儿、韩小玉及众乡亲前来送别，郭奕率众人站在船尾给他们招手致意，执手相看泪眼，千言万语难以表达此刻的心情，直到唐船消失在海面上……
唐船穿过天神鼻和正面岬，驶进了苍茫的大海，饱含热泪的郭奕，突然跪倒在两具灵柩前失声痛哭，于是，全体成员一齐跟着她跪了下来，为魂归故里的英灵默默祈祷……
秋风瑟瑟，黄叶落满了秋目浦，郭国强带着许灵儿和韩小玉，迎着朝霞再次来到码头，开始了他们新的征途……
第三卷“暗战”今天结束了，明日开启第四卷“海上丝路”，请各位父老乡亲、兄弟姐妹帮个人场，浩瀚鞠躬致谢啦！