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故事梗概
故事发生在嘉靖末年，内阁首辅严嵩为了能让儿子严世藩接班，急于医治严世蕃的眼睛，四处寻找神医，在工部侍郎赵文华的推荐下，找到被了被倭寇掠去日本多年的名医许仪后，许仪后借口没有医治严世藩眼睛的药物，又被海盗罗文龙带去了日本，许仪后的女儿许灵儿当做人质，此时，正是徐阶等人正在暗中斗严嵩，嘉靖帝决定抄严世藩的家，许灵儿逃离严府，取了一些宝物，并协助锦衣卫抓获海盗罗文龙，才真正扳倒严嵩父子，这个过程中，邂逅了落难的李成梁和李如松，许灵儿又帮了李家父子的大忙，李成梁得以重新出山，李如松考中武状元，同时，李如松和许灵儿相爱了。
许灵儿加入锦衣卫，赴日本救父，刚刚救出父亲，还未返回国内，又接到新的任务，当时戚继光等爱国将领已经荡平了大明沿海的倭寇，但在日本还滞留有很多大明的海盗，朝廷派出锦衣卫赴日本锄奸，许灵儿临时受命帮忙。
七名锦衣卫在日本堺町和九州岛锄奸，由于海盗林一官及其狡猾，没能顺利完成任务，受到日本当地如岛津义久等大名的阻挠，也得到了石山本愿寺的帮助，牺牲了四名锦衣卫，但他们的行动给了海盗集团很大的打击。
严世藩和罗文龙为了给自己留后路，以给石山本愿寺捐赠为名，通过海盗运往日本很多的金银财宝，但这些金银财宝都没有送到石山本愿寺，而是留在了海盗自己的手里，这些财宝也招致日本很多大名武士们不择手段的抢夺，由于海盗头子提前转移，那些日本人没能找到财宝，却毁灭了海盗的据点。
海盗头子林一官结识了还没有成气候的丰臣秀吉（木下藤吉郎）之后，二人狼狈为奸，计划在未来丰臣秀吉得到日本之后，共同征服世界，但首先是征服大明。
由于许灵儿等锦衣卫对海盗头子林一官紧追不舍，同时对其他的海盗也给予了毁灭性打击，林一官被迫离开日本，去了琉球的据点。
当琉球国王知道林一官是朝廷的钦犯，捉拿林一官的时候，因有人通风报信，林一官诈死，改名林风，又被迫离开琉球，返回大陆沿海以经商为名建立了几十个据点，以待配合丰臣秀吉。
许灵儿救出父亲和朱均旺父子经返回辽东，准备和李如松成亲，途径朝鲜又被林风海盗集团在朝鲜窝点的匪徒所害，许仪后和朱均旺又被掠到了日本，许灵儿邂逅李舜臣，得知李如松已经成亲，大失所望，又返回日本寻找父亲。
林风娶了罗文龙的女儿罗阿敏，罗阿敏为了寻找妹妹阿萍，又和林风一起回到了日本，但却被日本大名岛津义久所害，林风的弟弟林文涛在海盗集团覆灭后出家，和此时在岛津家做武士的郭国强一起救了罗阿敏，并送回国内，文涛救了林风，但把他圈禁在比叡山延历寺。
直到织田信长火烧比叡山，林风又逃了出来，之后，返回大陆，聚集南澳岛，劫持商船，准备卷土重来，也把搭乘商船的许灵儿劫持到了南澳。
由于害怕受到福建和广东水军的联合打击，林风带着所有的人，突然决定攻打马尼拉，试图在吕宋建立自己的根据地，但此时，吕宋岛已经被西班牙人所占领。
攻打马尼拉失败后，林风不得不释放许灵儿等人，并试图利用他们和西班牙人讲和，而西班牙人则试图利用海盗的威胁，也想象葡萄牙人占据澳门那样，索取土地岛屿，要求大明开放口岸，自由传教等无理要求，被福建提督胡守仁严词拒绝。
胡守仁本是戚继光的部下，许灵儿回到福建后，被胡守仁送往辽东，当时努尔哈赤正在给李成梁当侍卫，由于一个偶然的原因，许灵儿和努尔哈赤双方逃离辽东……
人物介绍
1、许灵儿：医生许仪后的女儿，前往日本解救她的父亲。她有情有义、乐于助人，在与海盗的一系列斗争中，表现出机智勇敢、不输于男儿的巾帼气魄。
2、郭奕：暗中保护许灵儿的锦衣卫，其真实身份是日本大名织田信长的亲侄女，因其父织田信行被杀，与其母亲一起流落到明朝，自幼和王冲一起在飞鱼营受训。
3、林文涛：海盗林风的亲弟弟，因林风屠杀其叔叔一家，导致兄弟二人决裂。他在危难之际救下了许灵儿，认为这是其母亲求来的菩萨，来促使自己弃恶从善。后来，他发现自己爱上了对方，因自惭形秽而决定出家为僧，法号南光坊天海，最后成了德川幕府的一代“帝师”。
4、王冲：勇敢、正直、个性拘谨，前往日本锄奸的锦衣卫首领，在日本和郭奕结婚。
5、林风：性格多疑、诡计多端，有一定的人格魅力，早年亦商亦盗，曾和罗文龙一起参与劝降王直、徐海等海盗头目，立过功劳，暗中成了锦衣卫。在大明沿海剿灭倭寇之后，他在严世藩、罗文龙等人的支持下，盘踞在日本，纠集海盗余党贩运火枪，计划引“一向宗”入内地帮严世藩造反，在严世藩、罗文龙倒台后，朝廷派锦衣卫赴日本除掉林风。
6、罗阿敏：林风的妻子、罗文龙的大女儿。嘉靖年间其父曾救过太子（隆庆皇帝），她被送进太子府中读书，在严世藩倒台前，其父把她们姐妹送到了日本。
7、木下藤吉郎（羽柴秀吉、丰臣秀吉）：本卷中描述其成长的过程，从一名低级武士，成长为统一日本的“关白”，并连续两次发动侵朝战争，妄图与以朝鲜为跳板吞并明朝。
8、小西隆佐：基督徒，日本商人，听从丰臣秀吉的指挥。
点评
1、依托客观的历史事件、历史场景、历史人物，挖掘一段鲜为人知的历史，严格按照历史的进程发展，大事不虚，小事不拘，在虚构的细节发挥，剧情精彩紧凑。
2、在言情、宫斗、架空、穿越等剧多如牛毛的今天，本剧以严谨的历史题材为依据，弘扬了爱国的主旋律，谱写出一曲跌宕起伏、荡气回肠的爱国之歌，向被历史遗忘的普通中国百姓致敬！
3、当前，日韩等国的影视剧对明末这段历史涉猎越来越多，我们也曾出过戚继光用机关枪打鬼子这样的闹剧，这些作品无疑会对我国的年轻人造成恶劣的影响；如今，正处在中华民族的复兴阶段，我们与世界各国打交道越来越多，年轻人的价值观代表着民族的未来，本剧直面世界各国的历史，表达我们传统的价值观，对复兴我国历史传统文化有着重大的意义。
4、本剧以同时代的海外为背景，在历史题材的影视作品中极为罕见，异域风光有一定的新鲜度，所涉猎的地区基本都是著名的历史遗迹，具有深度挖掘的商业价值。