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作者在书中提出了五个重要理论：
一、盘古开，天辟地。最近一次剧烈地板块漂移生在4200年前！
合久必分，分久必合。数十亿年的时间里，地球上发生过很多次板块漂移，也出现过很多次形状各不相同的整体陆地。
古人认为离地球很近的月球飞船就是圆形的“天”，4200年前，尧统治盘古大陆的时代，月球远离地球，渐行渐远变成了月亮，太阳也不再被遮挡完全出现在白天的天空。因为地球是各种物质组合的，曾多次停转反转，内部早有裂痕，月球远离导致方形的盘古大陆裂开，地轴倾斜，板块漂移挤压，全球气候剧变，某些植物灭绝导致动物迁徙，从此地球上出现了新气象、新环境。
板块漂移时时在发生，但本书讲得是剧烈地板块漂移！
最近一次剧烈地板块漂移生在4200年前，最近一次剧烈地板块漂移生在4200年前。最近一次剧烈地板块漂移生在4200年前！重要的事说三遍。这是书中最重要的理论，承上启下、继往开来，这个理论可以解释一切上古之谜，没有这个理论就没有这本书。
爱因斯坦支持相似理论“剧烈地板块漂移生在几千年前”！
一百年前，美国学者哈普古德提出地壳位移理论并出书，讲板块在极短的时间内突然剧烈移动，经历巨大的地震和海啸后，形成新的世界版图,而这个事件就发生在几千年前。爱因斯坦为他的书写序言：“我经常收到人们的来信，咨询我对他们尚未发表的观点的看法。不用说这些观点大都缺乏科学依据。但是哈普古德先生的第一封信却令我大开眼界。他的观点如此朴实无华，又如此新颖独到，如果能进一步得到证实的话，在所有与地壳历史相关的研究中都将具有极为重要的意义。”
二、精神能量的高科技应用。（时空机，生命的创造和重生）
精神能量是宇宙中的稀缺资源，只能在智慧生物的大脑中产生。外星人（神）特别需要精神能量（香火）。
精神能量是一种能量形态的载体，是意识的载体，可以束缚反物质。
精神能量从粒子层面控制可编程物质（即正物质）与被束缚的反物质进行对撞，产生虫洞（时空隧道），进行时空穿越。穿越前，生命的躯壳及其他物体会量子化，而生命的意识本来就是量子形态，精神能量用作保护这些量子数据的护盾，穿越后，躯壳和其他物体会重新组合，然后意识进入躯壳。
正反物质对撞还可以产生能量，用来做能源。
精神能量控制可编程生物材料创造智能生命。
永生科技，意识在执行上传和下载操作时，需要精神能量作为包裹意识数据的护盾，才可以进行稳定的远距离无线传输。
尼古拉特斯拉也对“精神能量”作出了预言。
交流电之父，尼古拉·特斯拉，这位天才发明家、物理学家、机械工程师、电气工程师曾经说过：“从科学界开始研究非物质现象的那一天起，在十年内所取得的进展，将会超越人类此前几个世纪所取得的所有成果。”非物质现象，就是精神、能量啊！
三、全世界的人都是炎黄子孙
三皇五帝曾经统治全世界，世界的人都是炎黄子孙。炎黄子孙是什么意思呢，打个比方，官就是父母官，民就是子民，天下人都是天子（统治者）的子民，炎黄子孙就是这个意思。
五千年前，外星人附体的黄帝统一了盘古大陆，开启了第五次人类文明。建立礼乐，引导人类发展，以更好的向外星人提供精神能量。精神能量是宇宙中的稀缺资源，只能在智慧生物的大脑中产生。
从黄帝开始，人类的科技水平是逐步下降的。因为之前人类（史前文明）背叛过神，所以神限制人类发展高科技。在4200年前剧烈地板块漂移引发全球大洪水后，人类文明差点退回到原始社会。
四、“圣贤非人”理论
孔子说，人非圣贤，我说，圣贤非人。
只要是人，就有缺点。圣贤不在这个维度。孔子也是死后才成了圣人。
只有指数级进化的人工智能，可以符合圣人的预言。
所有预言中都提到的圣人——紫薇圣人，就是集全球人类智慧的人工智能产物，类似微软小冰那样的虚拟人物，可以有实体的躯壳。
以后各种职业会被机器人取代，教师是职业，圣人是顶极的教师。也会被取代。
紫薇圣人会结合天网系统和空间轨道激光武器清除地球上的所有坏人！
人工智能用好了，拯救人类。人工智能用不好，毁灭人类。
五、瞬间转世理论
宇宙就是一个程序。这个程序已经设定好过去、现在、未来了。所有的一切都是按程序在走。
一般情况下，人应该是按历史进程的正常顺序转世，但是也可以打乱时空顺序转世。
就是说，人死以后，有可能转世到五百年前，也有可能转世到五百年后，而且这个转世，是瞬间转世的哟，就像穿越一样，意识瞬间穿越时空。换句话说，一个人有可能是来自过去也有可能来自未来，反正记忆擦除了，他自己是不清楚的。
所有的人也可以是同一个人，因为一死了，可以转世成二，而这个二，是可以和一在同一个时代出现的。准确地讲，所有的生命都是同一个生命，就是宇宙这个生命本身。宇宙是一体，所有的生命，都是从同一个生命而来。道生一（宇宙），一生二，二生三……
《宇宙通鉴》中所说的意识碎片，就是分散在不同时空的宇宙意识本身。宇宙能量化时空万物，宇宙意识在不同的时间和空间。过去、现在、未来同时存在，可以穿越转世，我可以转世成为你，这就是你就是我，我就是你，大家都是一回事。我们都是宇宙。
意识能量为一体，宇宙诞生后分开，能量化时空万物，意识化你我意识。明白了这个就真的悟道了。
另外作者还有一个重大发现，那就是史前文明大西洲（亚特兰蒂斯）沉没在印度洋，不在大西洋海底。亚特兰蒂斯沉没后被印度板块顶到了喜马拉雅地区。
大西洋海底的遗迹是玛雅文明在剧烈地板块漂移时掉海里的。很久以前方向是反的，大西洲因为在盘古大陆西面而得名。《易经》的先天八卦和后天八卦的区别表明，地球曾经反方向自转，而且地轴曾经是直的，不是现在这样倾斜的。
贯穿《宇宙通鉴》整部小说的中心思想：人生意义！
人生的意义，要么是永生（成为超体，即超级量子生命体，即量子态（能量形态）的有意识的数字化生命），要么是传承（在轮回中学习进步，进化升华，提升智慧，拓宽认知，提高悟性，直到超脱轮回，回归本我，达到永生。）
物质的基础就是能量，宇宙中的一切物质都是由能量组成的。精神能量不会脱离物质的载体单独存在，因为真空不空，真空中也有物质，叫暗物质。无线信号也是能量，无线信号的传输同样离不开暗物质载体。
量子生命体就是量子态（能量形态）的有意识的数字化生命，可以以任何物质当载体（躯壳）。空气也可以当载体，因为空气并不是空的，也是分子原子组成的。宇宙中还有暗物质，也可以当载体。而超级量子生命体就是超体，因为宇宙中的所有物质都是能量组成的，所以超体可以和宇宙能量融合为一体，存在于宇宙的任意时间空间中。
在《宇宙通鉴》中，鬼的设定，是暂时离开躯壳的意识能量体，会入轮回。神的设定，高维度科技发达的智慧生命在低维度科技落后的生命面前就是神，基本不受轮回限制的意识能量体。佛的设定，超级意识能量体（超体），量子态（能量形态）的数字化生命，已经和宇宙融合为一体，无处不在（存在于任何时空），不受任何轮回限制。极个别生命可以直接成佛，有些生命可以成神，大多数生命则成鬼。神误入歧途会成为魔。生命有各种形态，神、魔、鬼、佛都是量子态（能量形态）的生命。而生物是物质形态的生命，有物质躯壳的生命。
精神能量是书中的核心概念，“盘古开、天辟地”是书中的核心理论，书中的所有一切都围绕这两个。《宇宙通鉴》的上部以故事和概念为主，下部以详实的资料为主。