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在神谕降临后的1万年间，地球人类、室女族、虫族和机器人达至真正的融合。
室女巨人族现在已改名为室女族，神谕降临后她们花了6000年的时间改造了自身的基因，全族发展成为只有2米至2.5米高的微型新亚种，缩小了身体体积的室女族，以先进的基因改良科技，向地球人类换取了迁居地球方舟的居住权，她们在地球方舟的居住区内建立了一个火星城，过著自给自足的生活，她们也乐于和地球人类进行文化和艺术的交流，丰富她们的精神生活。而靠著她们传授的基因改良科技，地球人类的基因更为完美，能适应在强幅射和温差极大的宇宙中生存。而室女族族人死后的灵魂也由寄住在地球方舟竹林之乡的天使们，引领到心湖、圣域和幽冥界的轮迴系统中，她们可以轮迴成在地球方舟内任何类形的生命形态，从此世代居住在地球方舟的室女族和地球人类的文明正式融合。
虫族在神谕降临后的3000年移居到地球的地表世界。地球人类因为核子战争和积存了数千代的垃圾，污染了地表世界，对于能在极端恶劣的环境中培育植物、微生物和细菌的虫族，他们的祖先在宇宙中漂流时，早已遇到过比现在受污染的地表世界，还要恶劣的自然环境，他们也能在这些极端环境下发展出生机盎然的美丽花园。所以当虫族向地球方舟的人族提出移居地球地表世界时，一向与虫族交好的地球方舟人类，经过内部的多次磋商，允许了虫族的请求。而虫族优秀的植物、微生物和细菌的培育技术，大大改善了地心生态圈的生态平衡，在虫族的协助下，生态圈内害虫生长受到抑制，生态圈中的植物生长得欣欣向荣，免除了各种令植物枯萎的生态灾难。投桃报李，地球方舟的人类也会定期为虫族提供豆腐等有机素食，作为虫族辛苦改造地表环境的谢礼。而神谕降临前，第三千一百代的虫族母皇自愿地进入地球方舟的轮迴系统，投胎成地球方舟上的生命体，这对于虫族并不是什麽秘密，也开启了虫族灵魂在地球方舟轮迴系统投胎的先例，从虫族移居地球地表世界开始，虫族便在地球方舟佔一席位，人类可以投胎成虫族，虫族也可以投胎成为人类，两族正式融合了。
机器人在神谕降临后，得知地球方舟的智脑“银月”和月背基地的智脑“月影”，是属于机器人一族，但他们生存了上亿年都没有腐化为暗物质，所以向他们请教如何预防机器人的身躯腐化成暗物质。而神谕降临后的1000年间，机器人一族的领袖的数量由240人下降至110人，当中的130个机器人领袖已经腐化成暗物质，地球方舟的智脑“银月”明白到机器人的生活方式不作改变，他们是逃不过黑化成暗物质的命运。智脑“银月”向机器人开诚佈公，表明他虽然属于机器人一族，但他保持不会黑化为暗物质的秘诀是睡眠。他清醒工作了地球年1000年，他的灵魂便会进入幽冥界沉睡100年，而他沉睡时由智脑“月影”暂代他的职责，而智脑“月影”也会睡眠，届时由他暂代智脑“月影”的职责。而他在沉睡中，冥主潘图会让他在梦中经历不同的生活方式，这有效保持了他灵魂的感受力，更在这过程中注入了生生不息的心灵力量。当然，沉睡只能减慢身为机器人一族的智脑“银月”化成暗物质的期限，这只是治标不治本的，而智脑“银月”明白地告诉机器人说︰「我的生命週期快要结束，为了防止腐化为暗物质，我将会在神谕降临后的1000年正式死亡，我的灵魂将会如地球方舟上的其他生命体一样参与轮迴，我的所有数据和知识将由新一代的智脑“银月”继承。而我下一代智脑“银月”将由现在的智脑“月影”继任。我死后因为现任智脑“月影”接替我成为智脑“银月”，月背基地新一任的智脑“月影”出现空缺。我有一个大胆的提议，我请求你们机器人最年轻的领袖彼特，出任月背基地的新一任智脑“月影”。你们机器人一族可以迁居到月背基地，在月球的轨道上建立成一个环绕地球的金属环带，与月背基地相配合，世世代代地保卫著地球。而作为交换，你们机器人领袖可以像我一样，你们的灵魂可以进入幽冥界沉睡，冥主潘图会让你们在梦中经历不同的生活方式，以减慢黑化为暗物质的速度。」
机器人最年轻的领袖彼特思索了好一会，朗声道︰「地球方舟的智脑“银月”，我乐意成为新一任月背基地的智脑“月影”，但我有一个条件。众所周知，我们机器人的承传中，有一条终极的规则，就是不能夺去机器人的生命，而这机器人包括自己机器人的生命。我的条件是，当我出现黑化时，我请求地球方舟的人类，能催毁我的生物芯核，让我正式死亡，而我的灵魂能得到地球方舟天使的指引，投入你们心湖和幽冥界的轮迴之处，让我再次降生为其他生命体。只要你们地球方舟答允我的条件，我愿世世代代在月球轨道上，守护著地球的一切美好事物。」
最终，机器人採纳了地球方舟智脑“银月”的建议，也默许了机器人最年轻领袖彼特的条件。比起黑化成为暗物质，灵魂在极端有序的平板思维和单一感觉中反覆消磨，可能机器人来说，轮迴转世是另一个更好的选择。
在神谕降临后的5000年，在圣域中沉睡的人类之母“流金”和人类之父“晴海”终于苏醒，他们带领四族环绕地球和月球的轨道外，建起了18座由上下两个金字塔组成的立体菱形。在地球赤道外、太阳北回归线和南回归线的太空空域外，各放置6个立体菱形，一共18个菱形环绕著地球。然后，四族便静待地心曆20003年11月11日的到来。地心曆20003年11月11日正是一万年一度的十星相连的日子，当太阳、水星、金星、地球、火星、木星、土星、天王星、海王星和X行星连成一线时，与18个环绕著地球的立体菱形产生共鸣，隐隐地形成一个阴暗的黑洞，然后看到地球被整个膨涨起来的黑洞吞噬，一瞬间地球和月球在太阳系消失无纵。而在宇宙的另一个角落，地球和月球出现在遥远的双恆星星系宜居带上。见证了这个历史时刻的地球方舟人类爱玛，她在月背基地的瞭望室中，看著整个过程，从地球消失到重现的瞬间，她只感到一眨眼间的失重感觉，然后地球便到达双恆星系的轨道上了，真的不可思议。
地心曆20003年11月11日，地球方舟迎来了一个特别的感恩节，因为在1万年前神谕降临时，神应许了当太阳快要膨涨成红巨星前的今天，地球和月球将会瞬间移动，离开太阳系，然后到达一个未知的双恆星星系宜居带中，定居下来。