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闰1月，烧何羌反叛，攻打张掖郡。与段颎的一场大战从清晨战至日中，汉军刀折矢尽，羌兵也损失惨重，决定撤退。段颎下令追击，且战且行，经过‘割肉食雪’40余天的昼夜追击，汉军追出2000余里，追到了积石山。在这里，段颎大破羌兵，斩首烧何部落酋长，降其余众而还。
6月9日，司徒祝恬去世。7月，司空盛允转任司徒、太常虞放升任司空。
7月，长沙蛮反叛，占据益阳县。零陵蛮攻打长沙郡。
9月，苏丙在泰山、琅琊等地起义。御史中丞赵某奉命持节前往前线，督率当地州郡兵平叛。
3年多前被魏朗击败退散的九真郡起义军屯据日南郡后，其众渐转强盛。桂阳太守夏方被朝廷任命为交趾刺史。因其威惠素著，11月，2万余起义军余部纷纷向夏方投降。
11月，勒姐、零吾两个羌族部落攻打金城郡允街县。却被段颎击败。
11月，叔孙无忌攻杀泰山都尉侯章。12月，中郎将宗资将叔孙无忌的起义军镇压。随后到任的泰山太守皇甫规恩威并用，广设方略，终使寇虏悉平。
延熹4年（161）1月，大疫。
2月，司徒盛允罢官。大司农种暠升任司徒。3月，汉桓帝刘志下诏：省冗从右仆射官。太尉黄琼罢官。4月，太常刘矩升任太尉。
26日，汉桓帝刘志封自己的叔叔、参户亭侯刘博为任城王。恢复已绝国9年多的任城国。
5月22日，京师洛阳雨雹。6月，京兆、右扶风、凉州三地地震。13日，岱山及博尤来山并颓裂。22日，汉桓帝刘志下诏大赦天下。司空虞放罢官，三个月前刚卸任的前太尉黄琼被任命为司空。
6月，犍为属国蛮兵寇掠百姓。被益州刺史山昱击破。
6月，零吾、先零诸羌部落反叛，攻打三辅地区。
7月，京师洛阳雩。汉桓帝刘志下诏：减少公卿以下各级官员俸禄，贷王侯半租。鬻卖关内侯、虎贲、羽林缇骑、营士、五大夫等各级官爵。
9月，司空黄琼罢官。大鸿胪刘宠升任司空。与太尉刘矩、司徒种暠三人皆为当时著名循吏、东汉王朝的良辅。三人齐心，宦官也稍敛其势，当时号称清平。
10月，天竺国遣使贡献。
10月，南阳人黄武、颍川郡襄城县人惠得、颍川郡昆阳县人乐季三人妖言相署，皆伏诛。
10月，先零、沈氐联合其他羌族部落一起反叛，攻打并、凉二州。护羌校尉段颎调集湟中义从诸兵，前去征讨。偏偏凉州刺史郭闳贪功妒能，多方掣肘，使段颎之兵不得进。因役久思归，义从诸兵纷纷叛逃回湟中。这时郭闳又归罪于段颎，上疏弹劾，段颎最终被朝廷下狱，又发往左校去服苦役，而以济南国国相胡闳继任护羌校尉。
但胡闳根本制止不了羌乱的蔓延转盛。这时，与段颎同为‘凉州三明’的另一名将、泰山太守皇甫规上疏请战。
在汉朝，关西出将，关东出相。在西北这块苍凉辽阔的土地上，皇甫规生于斯长于斯，精通兵法，一身武艺，天生的一副良将之才。梁冀时代，皇甫规不畏强权，屡屡上书揭梁冀老底，因而被打压得死死的。梁冀死后，朝廷召他复出。他多次推辞，最后才在去年叔孙无忌的泰山起义军被平定后，恋恋不舍告别隐居生活，出来当官。现在则又主动要求上西北前线。朝廷的任命也很快下来了：封皇甫规为中郎将，持节监率关西的汉军，征讨零吾等羌族部落。11月，皇甫规击败羌兵，斩首八百人。先零诸羌来降者十余万众。
12月，扶余国遣使贡献。
延熹5年（162）1月，汉桓帝刘志下诏：省太官右监丞。
3月，沈氐羌攻打张掖、酒泉二郡。皇甫规征发先零诸降羌，一起前去征讨。却值军中疫病蔓延，死者十之三四。皇甫规亲自巡视营中将士，同甘共苦，得到三军感悦。于是大败敌军。东羌诸部落也遣使乞降，凉州得以复通。
随后，皇甫规马上开始弹劾安定太守孙俊、属国都尉李翕、督军御史张禀等人多杀降羌；凉州刺史郭闳、汉阳太守赵熹等人倚恃权贵，不遵法度。报告打到朝廷后，这些人或被罢免或被斩首。羌人闻之，不胜感激。沈氐羌部落酋长滇昌、饥恬等率十余万人来向皇甫规投降。
4月，长沙郡爆发起义。起义军攻打桂阳、苍梧二县。5月，长沙、零陵的起义愈演愈烈。他们杀入桂阳、苍梧、南海、交趾等郡。交趾刺史及苍梧太守弃城而逃。御史中丞盛修奉命前往前线，组织当地州郡招募士兵，镇压起义，结果反为所败。
23日，京师洛阳地震。汉桓帝刘志命公、卿各上封事。
7月，鸟吾羌寇汉阳、陇西、金城诸郡。却被当地郡兵击败。
8月20日，汉桓帝刘志下诏：减少虎贲、羽林住寺不任事者一半的俸禄，且不发冬衣。公卿以下各级官员，则发一半的冬衣。
8月，豫章郡艾县的起义军向西攻打长沙郡，杀死益阳县令，众至万余人。谒者马睦、荆州刺史刘度兵败而逃。零陵郡蛮夷趁势亦反。10月，武陵郡蛮夷反，攻打南郡郡治江陵县。南郡太守李肃杀死扣马苦谏的主簿胡爽而逃。消息传回，刘志下令将李肃斩首弃市。刘度、马睦减死一等。封胡爽之子为郎官。
尚书朱穆举荐度尚任荆州刺史。22日，刘志又任命冯绲为车骑将军，率兵十余万前去征讨武陵蛮叛兵。减少官员俸禄、贷王侯租税，以助军费。冯绲因见之前的一些将帅都因军费问题被宦官陷害，所以主动要求朝廷派中常侍一人随军，专管军费。朝廷便任命了张敞为监军。冯绲又推荐有德惠民的前武陵太守应奉与自己一同前往，朝廷也同意了，封应奉为从事中郎。
11月，冯绲率军来到长沙郡。当地起义军望风请降。冯绲马不停蹄便杀进武陵郡，斩首四千余、受降十余万人。荆州平定。消息传回，刘志大喜，下诏赐钱一亿。冯绲固辞不受，让功于应奉，推荐其为司隶校尉。自己则上书乞休，但刘志不许。其实冯绲乞休的原因是他已得罪了监军张敞。因索贿不得，宦官们已恨上了冯绲。
11月，京兆虎牙都尉宗谦因贪赃罪下狱论死。
11月，滇那羌攻打武威、张掖、酒泉三郡。
11月，太尉刘矩罢官，太常杨秉升任太尉。三年前，杨秉刚被判去左校劳改不久，就出现大旱，遇大赦杨秉就自由了。接着天上又出现日食，有人就趁机上书，劝刘志不要打压杨秉太久，应立即让他出来工作。
很快，刘志就同意杨秉复出。有关部门派了公车来，接杨秉回去上班。但杨秉没上车，而是躺在床上装病，告诉来人“不好意思哪，我连床都起不了，哪还能做官”
这个官场老油条还真能装！有关部门被气得半天说不出话，拂袖而去。敬酒不吃你要吃罚酒？那好！这帮人回去后，立即上奏弹劾杨秉，说他大不敬，应该治罪…
但奏书被尚书署驳回去了。他们认为：杨秉装病不至，其实是谦虚退让之礼。不如再征召他一次。如再不来，再问罪也不迟。有关部门只好再去征召。
这次杨秉学精了。动作敏捷跳下床，整理衣服，精神抖擞地出门去了。干的是老本行——太常。现在又升为三公之首的太尉。君子报仇，三年不晚，我杨秉又回来了！
皇甫规平定羌乱有功，却因弹劾了一帮小人，又没给朝中得势的宦官们送礼馈赠，这些人便在皇帝面前日夜进谗。诬告皇甫规贿赂群羌，令他们假降以建功。汉桓帝刘志也不辨真假，便下玺书去责问皇甫规。
皇甫规忧愤交并，上书自讼。刘志看过后，便将皇甫规召回朝廷，封为议郎。这次，五侯中的徐璜、左悺二人又来见皇甫规，敲诈财货。皇甫规不理二人，二人便再将前案翻出，将皇甫规下狱。亲友同僚们都看不下去了，自发筹钱，想为皇甫规去疏通关系，但皇甫规誓死不从。最后廷尉以‘剿寇不尽’的罪名将皇甫规罚去左校做苦工。这下更激起了民愤！300余名太学生在张凤的率领下，诣阙为皇甫规讼冤。终于使得朝廷赦免此人，将其罢免归家。
延熹6年（163）2月11日，司徒种暠去世。3月22日，卫尉许栩升任司徒。大赦天下。
5月，鲜卑寇辽东属国。
7月，陇西太守孙羌击败滇那羌兵。
7月，桂阳郡起义军在李研的率领下复起。趁此机会，武陵郡蛮夷也复反。却被武陵太守陈奉悉数讨平。8月，冯绲因‘武陵蛮复起’的罪名被罢官。当然，真正原因还是冯绲得罪了宦官们。
10月13日，汉桓帝刘志往广成苑校猎。并游玩函谷关、上林苑。光禄勋陈蕃上疏劝谏，刘志不听。
11月，南海郡爆发起义。
11月，司空刘宠罢官。12月，卫尉周景升任司空。联合太尉杨秉一起上书“如今汉朝内外，出现了很多人不胜任官职的现象。汉朝有法律，宦官子弟是不允许当官的，更不许位居高位。可现在到处都是这些人出没的鬼影。所以我们建议：各部门清查下属，凡不合格的官员，都呈报三府，把他们一律清除出政府”
报告打上去后，汉桓帝刘志这次终于吃对了药，批准了周、杨二人清除宦官子弟的计划。
有皇帝支持，一场声势浩大的整肃运动很快展开。青州刺史羊亮等50余人被清除出汉朝官场。有的被拉出去砍了，有的收铺盖滚蛋了。
同时，刘志又下诏：征皇甫规入朝，封度辽将军。封段颎为护羌校尉。而‘凉州三明’的另一位张奂曾因‘梁冀故吏’的罪名被罢官禁锢。在皇甫规连续七次的荐举下，终于被任命为武威太守。这次，皇甫规度辽将军到任数月，又上书推荐张奂。最终，张奂被任命为度辽将军、皇甫规被任命为使匈奴中郎将。